İnternet bankacılığının avantajlarının yanısıra dezavantları da vardır. Sanal alem hırsızlarınca şifreniz ve hesap bilgileriniz ele geçirilip güvenlik duvarı aşılıp hesaplarınız boşaltılabilir. Ayrıca bazı bankalar internet bankacılığı hizmetleri üzerinden hizmet bedeli adı altında para kesmektedir.