Bakterilerin büyük çoğunluğu saprofit bakteriler olup besinlerini bulundukları ortamdan hazır sıvılar olarak alır. Parazit bakteriler ise besinlerini cansız ortamdan değil de üzerinde yaşadıkları canlılardan temin ederler. Fotosentetik bakteriler ise güneş ışığından besin elde eder. Kemosentetik bakteriler ise inorganil maddeleri oksitleyerek zararsız hale getirirler.