Hipotalamus iç ortamın sabit tutulması ile ilgili en önemli beyin bölümüdür.Arter basıncı ve kalp hızını artırır veya azaltır.Heyecan, korku gibi ruhsal olaylar hipotalamustan beyin sapındaki vazomotor ve kardiyak merkezlere uyarıların iletilmesine neden olur.Su dengesindeki mekanizmaları aktifler.Nöronları yoğun kimyasal bağlantılarla yeme davranışını kontrol eder.
Hipotalamus çekirdekleri tiroid bezi, adrenal bezler ve pankreas adacık hücrelerinden salgılanan hormonlar dahil enerji dengesi ve metabolizmanın düzenlenmesinde etkili olan hormonları salgılar.