Akraba evliliğinin en büyük sakıncası doğacak çocukların bazı hastalık ve engellerle doğabilecek olmasıdır.Çünkü akrabalıklar da genetik hastalıklar görülme yüzdesi oldukça yüksektir.
İleriki yıllarda anlaşmazlık sonucu evlilik sona erdiğinde ise bütün akrabalık ilişkileri zedelenir.