Bakterilerin hepsi zararlı değildir, yararlı bakterilerde vardır.Gıda üretiminde bundan faydalanılmaktadır. Başta yoğurt, kefir, kımız olmak üzere çeşitli süt ürünleri, boza üretiminde doğrudan bu bakterilerden yararlanılmaktadır. Ekmeğin mayalanması, bira ve şarap yapımı yine bakteriler aracılığı ile olmaktadır. Bunlara ek olarak peynir ve tereyağı ile sucuk, turşu, zeytin vb. gıdaların yapımında bakterilerden yararlanılmaktadır.